管路阻塞是賽默飛離子色譜柱的主要故障之一，常見的故障原因是：1.淋洗液沒有過濾，有固體顆粒物；2.樣品沒有過濾，有固體顆粒物；3.泵的磨損碎片、進樣閥墊圈碎片進入系統；4.保護信，分析柱過濾片破碎，柱填料漏出；5.系統長時間不用，淋洗液中有結晶析出；系統中微生物或細菌的繁殖。

　　造成管路阻塞的原因雖然較多，但系統中管路阻塞的現象很少發生，常見的應該是儲液器中燒結過濾器阻塞，燒結過濾器的孔徑一般是0.45-5um，可以過濾掉絕大部分固體顆粒物，即使阻塞也可以方便的更換。

　　較大顆粒造成管路*阻塞后系統的壓力會突然升高，小顆粒物的聚集使系統壓力逐漸升高。排除比較簡單，一般是采用分段排除法。在泵啟動狀態下，從后向前分別松開每一部分的接頭，直到壓力突然降低，即可確認是該部分造成的阻塞，應進行更換或疏導。由于管內徑很小，要導通十分困難，難以將系統的其它部分斷開，將阻塞部分接頭直接與高壓泵連接，用大流量進行反向沖洗，如果是細小結晶、微生物、小顆粒等可能有效；如果是剛性顆粒物阻塞一般很難用此法解決，可以更換新的管子。

　　賽默飛離子色譜柱其他常見問題：

　　1.柱壓升高，在檢查流路沒有阻塞的前提下，更換離子色譜柱過濾網板，一般情況下更換保護柱進口端的網板。

　　2.分離度降低，可以是由于離子色譜柱的柱效降低或選擇改變所引起的，可以通過適合的清洗對離子色譜柱進行清洗，或者改變離子色譜的流動相來改善分離。

　　3.死體積增大，由于分離柱入口樹脂壓力使樹脂造成空隙或才樹脂壓碎而成，使離子色譜分離度下降、分叉等，這時可以填充相同類型的樹脂和惰球樹脂球以減少死體積。

　　而對于受污染的賽默飛離子色譜柱，一般要進行清洗，或者將保護柱接在分離柱之后進行清洗。